Вопрос про МКПП
 

Имеется М3 Е36 S50B30 с МКПП-5 , есть ли смысл менять на МКПП-6 ?
И какую сцепу ставить, сток ?

На передаточные числа смотри. Если будут более короткие, то замучаешься ручку дергать. А на 6 ступке они будут короче.

идентичны

5-ти и 6-ти ступки ? Есть ли смысл менять ?

Смотря, что ты хочешь, если часто ездишь 140+ - то наверное да, для аккустического комфорта )

6 мкпп потянет за собой весь задний мост, или геморрой с карданом..

Как уже писали выше, ты разницу почувствуешь только на высоких скоростях. В салоне реву будет меньше. Стоит ли оно того, чтобы при этом разобрать пол машины и вбахать кучу денег, решать конечно тебе.