Еще + за E39 - под капотом больше места. В Е46 очень все плотно, ремонтировать самому будет тяжелее. Ну и если Smg накроется, то будет неприятно (но бояться Smg не стоит). Хотя е46 есть на ручке тоже, это верно, но их меньше.
Хотя, лично по мне, Е46 М намного красивее, эстетичнее, гармоничнее, чем Е39 М. Как минимум, потому что Е46 купе, а это всегда симпатичнее седана
. Но на вкус и цвет...